മുൻപ് നീറ്റ് പരീക്ഷയെ ശക്തമായി പിന്തുണച്ചിരുന്ന അണ്ണാമലൈ, ബിജെപി വിട്ടശേഷമാണ് ഇക്കാര്യത്തിൽ നിലപാട് മാറ്റിയത്. രാജ്യത്താകെ ഒരൊറ്റ പ്രവേശനപരീക്ഷ നടത്തുന്നത് തുല്യാവസരം ഉറപ്പാക്കുമെന്നും പിന്നാക്ക വിഭാഗങ്ങളിലെ വിദ്യാർഥികൾക്ക് മെഡിക്കൽ വിദ്യാഭ്യാസത്തിലേക്കുള്ള പ്രവേശനം എളുപ്പമാക്കുമെന്നും വിശ്വസിച്ചാണ് നീറ്റിനെ പിന്തുണച്ചതെന്ന് അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.
എന്നാൽ കഴിഞ്ഞ അഞ്ച് വർഷത്തിനിടെ മൂന്ന് തവണ നീറ്റ് യുജി ചോദ്യപ്പേപ്പർ ചോർന്നതായി ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയ അണ്ണാമലൈ, പരീക്ഷാ സംവിധാനത്തിന്റെ വിശ്വാസ്യത തകർന്നിരിക്കുകയാണെന്ന് വിമർശിച്ചു. ചോർച്ചയുടെ പേരിൽ വീണ്ടും പരീക്ഷ എഴുതേണ്ടി വരുന്ന വിദ്യാർഥികൾ അനുഭവിക്കുന്ന മാനസിക സമ്മർദം ഗൗരവമായി കാണേണ്ടതാണെന്നും അദ്ദേഹം കൂട്ടിച്ചേർത്തു.