2008 ലെ മാലേഗാവ് ബോംബ് സ്ഫോടനക്കേസിൽ പ്രതികളെ കുറ്റവിമുക്തരാക്കിയ കോടതി വിധിക്കെതിരെ കൊല്ലപ്പെട്ടവരുടെ ആറ് കുടുംബാംഗങ്ങൾ ബോംബെ ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിച്ചു. ബിജെപി എംപി പ്രജ്ഞാ സിംഗ് താക്കൂർ, ലഫ്റ്റനന്റ് കേണൽ പ്രസാദ് പുരോഹിത് എന്നിവരുൾപ്പെടെ ഏഴ് പ്രതികളെയാണ് പ്രത്യേക എൻഐഎ കോടതി കുറ്റവിമുക്തരാക്കിയത്. അഭിഭാഷകനായ മതീൻ ഷെയ്ഖ് മുഖേന നിസാർ അഹമ്മദ് സയ്യിദ് ബിലാലും മറ്റ് അഞ്ച് പേരും തിങ്കളാഴ്ച സമർപ്പിച്ച അപ്പീലിൽ, പ്രത്യേക കോടതിയുടെ ജൂലൈ 31 ലെ വിധി റദ്ദാക്കണമെന്ന് ആവശ്യപ്പെട്ടു
2008 സെപ്റ്റംബർ 2 ന് മുംബൈയിൽ നിന്ന് ഏകദേശം 200 കിലോമീറ്റർ അകലെയുള്ള മാലേഗാവിലെ പള്ളിക്ക് സമീപം മോട്ടോർ സൈക്കിളിൽ ഘടിപ്പിച്ചിരുന്ന സ്ഫോടകവസ്തു പൊട്ടിത്തെറിച്ച് ആറ് പേർ കൊല്ലപ്പെടുകയും 101 പേർക്ക് പരിക്കേൽക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. മുസ്ലീം സമുദായത്തെ ലക്ഷ്യം വച്ചുള്ള വലതുപക്ഷ തീവ്രവാദികളാണ് ആക്രമണം നടത്തിയതെന്ന് അന്വേഷണ സംഘം കണ്ടെത്തി. എന്നാൽ പ്രതികൾക്കെതിരെയുള്ള ആരോപണത്തിന് തെളിവില്ലെന്നും സംശയം മാത്രമാണെന്നും എൻഐഎ കോടതി നിരീക്ഷിച്ചു. കുറ്റം സംശയാതീതമായി സ്ഥാപിക്കുന്നതിന് വ്യക്തവും വിശ്വസനീയവുമായ തെളിവുകൾ ഹാജരാക്കുന്നതിൽ പ്രോസിക്യൂഷൻ പരാജയപ്പെട്ടുവെന്നും വിധിച്ചു. അന്വേഷണത്തിലെ നിരവധി പഴുതുകൾ കോടതി ചൂണ്ടിക്കാട്ടുകയും പ്രതികൾക്ക് സംശയത്തിന്റെ ആനുകൂല്യം നൽകുകയും ചെയ്തു.
2011 ൽ അന്വേഷണം ഏറ്റെടുത്ത ദേശീയ അന്വേഷണ ഏജൻസി (എൻഐഎ) പ്രതികളെ കുറ്റവിമുക്തരാക്കുന്നതിനെ എതിർത്തിരുന്നു. എന്നാൽ, പിന്നീട് താക്കൂർ ഉൾപ്പെടെയുള്ള ചിലർക്ക് പ്രോസിക്യൂട്ട് ചെയ്യാവുന്ന തെളിവുകളുടെ അഭാവം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി ക്ലീൻ ചിറ്റ് നൽകി. ഈ വർഷം ഏപ്രിലിൽ, പ്രത്യേക എൻഐഎ കോടതി ഏഴ് പ്രതികളെയും കുറ്റവിമുക്തരാക്കി. പ്രവീൺ തകാൽക്കി എന്ന ഒരാളെ മാത്രമേ ആയുധ നിയമപ്രകാരം കുറ്റക്കാരനാണെന്ന് വിധിച്ചു.