പേയ്മെന്റ് സീറ്റ് ആരോപണം ഉന്നയിച്ച് പാര്ട്ടിയെ വെട്ടിലാക്കിയതിന് സിപിഐ പ്രാഥമികാംഗത്വത്തില് നിന്ന് മുകുന്ദനെ പുറത്താക്കിയിരുന്നു. പുറത്താക്കുമെന്ന ബോധ്യത്തോടെ തന്നെയാണ് കാര്യങ്ങള് പറഞ്ഞതെന്നും സ്വതന്ത്രസ്ഥാനാര്ഥിയായി മത്സരിക്കുമെന്ന തീരുമാനത്തില് നിന്ന് പിന്നോട്ടില്ലെന്നുമായിരുന്നു മുകുന്ദന്റെ നിലപാട്.
നാട്ടികയില് തനിക്ക് പകരം ഗീതാ ഗോപിക്ക് സീറ്റ് നല്കിയതിന് പിന്നാലെയാണ് മുകുന്ദന് പാര്ട്ടിക്കെതിരെ തിരിഞ്ഞത്. ഇത് പേയ്മെന്റ് സീറ്റ് ആണെന്നും പാര്ട്ടിയില് പണത്തിനാണിപ്പോള് സ്വാധീനമെന്നും മുകുന്ദന് ആരോപിച്ചിരുന്നു. ഇതിന് പിന്നാലെ മുകുന്ദനുമായി കെപിസിസി നേതൃത്വം ചര്ച്ച നടത്തിയിരുന്നു.