വ്യാഴാഴ്ച രാത്രി അത്താഴപൂജയ്ക്ക് ശേഷം മൂലവിഗ്രഹത്തിന്റെ വലതുഭാഗത്ത് മുഖമണ്ഡപത്തില് കണിയൊരുക്കും.
മേല്ശാന്തി തിയ്യന്നൂര് കൃഷ്ണചന്ദ്രന് നമ്പൂതിരി അദ്ദേഹത്തിന്റെ മുറിയില് കണി കണ്ടശേഷം പുലര്ച്ചെ രണ്ടിന് മുഖമണ്ഡപത്തില് ഒരുക്കിവച്ചിരിക്കുന്ന കണിക്കോപ്പുകളിലെ മുറിതേങ്ങയില് ദീപം തെളിച്ച് ഗുരുവായൂരപ്പനെ കണികാണിക്കും. തുടര്ന്ന് ഭക്തരെ ക്ഷേത്രത്തില് പ്രവേശിപ്പിക്കും.
ക്ഷേത്രത്തില് വെള്ളിയാഴ്ച വിഷു വിളക്ക് സമ്പൂര്ണ്ണ നെയ്യ് വിളക്കായി ആഘോഷിക്കും. ലണ്ടന് വ്യവസായിയായിരുന്ന പരേതനായ ഗുരുവായൂര് സ്വദേശി തെക്കുമുറി ഹരിദാസിന്റെ പേരിലാണ് എല്ലാ വര്ഷവും ക്ഷേത്രത്തില് വിഷുവിളക്ക് ആഘോഷിക്കുന്നത്.